Школы — самые многочисленные образовательные учреждения Москвы — различаются согласно разнообразным образовательным программам. В числе школьных программ есть унифицированные стандартные программы изучения общеобразовательных дисциплин, а также программы, направленные на углубленное изучение одного или более предметов. Практически по каждой общеобразовательной дисциплине разработаны программы углубленного изучения для тех, кто уже определился с выбором дальнейшего образования, или хотел бы лучше изучить какой-то предмет.
Помимо школ с углубленным изучением предмета существуют школы с оздоровительной методикой, профилированные на вуз (высшее учебное заведение).
Программы школ с оздоровительной методикой, как правило, направлены на поддержку развития детей и подростков с хроническими заболеваниями или нарушениями, ортопедическими, логопедическими, нарушениями зрения, слуха и речи и пр. Существуют также школы для особых детей.
Программы школ, профилированных на вузы (высшие учебные заведения), предлагают углубленное изучение предметов, профильных для данного ВУЗа, помогая успешно сдать вступительные экзамены.
В последние годы в столице появились школы с этнокультурным компонентом для языковой адаптации детей, не владеющих или слабо владеющих русским языком.